Em causa no julgamento a realizar pela Relação, em virtude de a arguida ser juíza de primeira instância, está a dissipação do património, designadamente de bens imóveis, que o casal adquiriu com dinheiro que alegadamente pertencia à Universidade Independente.

O coletivo que irá julgar a juíza é constituído pelos juízes desembargadores Ricardo Cardoso (presidente), Filipe Macedo e Heitor Vasques Osório, estando o Ministério Público representando pelo magistrado Varela Marques.

Isabel Pinto Magalhães foi casada com o ex-vice-reitor da UNI Rui Verde, que chegou a estar em prisão preventiva e que foi acusado e pronunciado, no âmbito do processo principal da UNI, de dezenas de crimes, incluindo associação criminosa, burla agravada, fraude fiscal e branqueamento de capitais.

No processo principal, Rui Verde é arguido juntamente com mais de 20 outros arguidos, incluindo Amadeu Lima de Carvalho, auto-intitulado acionista maioritário da SIDES (empresa detentora da extinta UNI), e Luís Arouca, antigo reitor da UNI.

Em fevereiro de 2009, após uma investigação iniciada em 2006, o Ministério Público (MP) acusou 26 arguidos (dos quais três empresas) por crimes de associação criminosa, fraude fiscal qualificada, abuso de confiança qualificada, falsificação de documento, burla qualificada, corrupção ativa/passiva e branqueamento de capitais, entre outros ilícitos.

Após rebentar o caso, a Universidade Independente foi encerrada compulsivamente pelo Ministério da Ciência, Tecnologia e Ensino Superior.